02年：全18チーム。
佐川急便大阪（全国地域リーグ決勝大会1位）とプロフェソール宮崎（同2位）が新加入。
下２チームが自動降格→17アルエット熊本＆18プロフェソール宮崎。
15位静岡産業大学と16位ジヤトコが入れ替え戦へ。
×静岡産業大学 VS ○佐川印刷SC（全国地域リーグ決勝大会2位）で降格と昇格。
○ジヤトコ VS ×アイン食品（全国地域リーグ決勝大会1位）で残留。
03年：全16チーム。FC京都降格。
自動降格なしで下位２チームが入れ替え戦の予定だった。
ジヤトコ活動終了が決まり、最下位１チームの入れ替え戦のみと変更になった。
最下位のFC京都1993が群馬FCホリコシ（全国地域リーグ決勝大会２位）に敗れて降格/昇格。
全国地域リーグ決勝大会で優勝の草津は自動昇格。
04年：全16チーム。
02年：吉田暢が監督。コーチは見田と片桐の２名が記載。佐藤英二は選手。
03年：吉田暢が監督。佐藤英二が引退してコーチ就任。コーチ記載は前述の２名と合わせて３名へ。
04年：吉田が監督退任して佐藤が監督へ。コーチは見田と片桐の２名記載。